Usia boleh muda, tetapi pamor SMAN 9 tidak kalah dengan sekolah-sekolah yang sudah berdiri sejak puluhan tahun yang lalu. SMA Negeri 9 berdiri tahun 1995 Untuk lebih jelasnya inilah sejarahnya.

Tahun 1995 berdiiri dengan megah bangunan sekolah yang terdiri dari dua lantai yang dibiayai dana proyek P dan P DKI Jakarta. Bangunan tersebut terletak di Kelurahan Kebon Pala, Kecamatan Makasar , Kota Administrasi Jakarta Timur. Lokasinya berbatasan dengan Kompleks Halim Perdana Kusuma. Setelah diserah terimakan dari Pemda DKI Jakarta kepada Kanwil Dikbud DKI Jakarta (masa itu) pada bulan Juli 1995 sekolah yang mula-mula diberi nama SMA Negeri Baru Kebon Pala, satu tahun kemudian yakni tahun 1996 diberikan nama SMA Negeri 116 Jakarta.

Berdasarkan perubahan nomenklatur SMA menjadi SMU, yakni Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No.035/O/1997, tanggal 7 Maret 1997, maka SMA Negeri 116 Jakarta berubah menjadi SMU Negeri 9 Jakarta ( sekarang kembali istilahnya menjadi SMA yakni : SMA Negeri 9 Jakarta).